[institut] Seminar iz bioinformatike(22.06.2009)

[Branko Dragovich]

Postovane koleginice i kolege,

U okviru SEMINARA IZ BIOINFORMATIKE sledece predavanje 
«Istrazivanje korelacija izmedju aminokiselina i sekundarne strukture proteina»
odrzace  mr Sasa Malkov ( asistent Matematickog fakulteta u Beogradu)  na
Matematickom fakultetu (Studentski trg 16, IV sprat),  BIM sala, u ponedeljak
22.06.2009. sa pocetkom u 18.00 casova. Predavanje je namenjeno sirem  skupu
slusalaca. Apstrakt predavanja je u prilogu. Molimo Vas prosledite obavestenje
Vasim saradnicima, koji su zainteresovani za ovu problematiku.

S postovanjem,

Branko Dragovic 
Gordana Pavlovic-Lazetic
Zoran Rakic

------------------------------------------------------------

SEMINAR  IZ  BIOINFORMATIKE

MATEMATIČKI FAKULTET, BIM Sala 
Ponedeljak, 22.06.2009, sa početkom u 18.00 časova


                          Mr Saša Malkov
                          Asistent Matematičkog fakulteta



Istraživanje korelacija između aminokiselina i 
sekundarne strukture proteina 

Analizirana je korelacija primarne i sekundarne strukture proteina na osnovu
podataka iz kolekcije Protein Data Bank (PDB). Izračunate su statističke
korelacije između svake od 20 aminokiselina i 8 tipova sekundarnih struktura,
na međusobnoj udaljenosti od -25 do 25 jedinica. Na osnovu dobijenih rezultata
i sklonosti građenju određenih sekundarnih struktura, aminokiseline su
klasifikovane u četiri grupe: sklone α-heliksima, sklone trakama, sklone
zavojima i ostale (His i Cys ne pokazuju naklonost ni prema jednoj sekundarnoj
strukturi). Pokazuje se da aminokiseline u istoj grupi imaju slične strukturne
karakteristike na Cβ i Cγ atomima. Sve AK sklone α-heliksima nemaju ni polarne
heteroatome vezane na atome Cβ i Cγ, ni grananje ni aromatične grupe na atomu
Cβ. Sve AK sklone trakama imaju aromatične grupe ili heteroatome na atomu Cβ.
Sve AK sklone zavojima imaju polarne heteroatome na atomima Cβ ili Cγ ili
uopšte nemaju atom Cβ. Ova nova pravila mogu biti korisna u predviđanju
ponašanja sintetisanih AK koje ne postoje u prirodi.
Rezultati udaljenih korelacija pokazuju značajnost korelacija na udaljenosti
do 10 jedinica. Pokazuje se da delovi vezani na atome Cβ i Cγ imaju primarnu
ulogu u sklonosti AK prema sekundarnim strukturama podataka na istom mestu, a
da polarnost aminokiselina ima značajan uticaj na građenje α-heliksa i traka
na udaljenim mestima u sekvenci. Korelacije koje odgovaraju polarnim AK su
značajno asimetrične.

--------------------------------------------------------------

-----------------
Institute of Physics, Belgrade
http://www.phy.bg.ac.yu/~dragovich