[institut] [Bioinformatika] najava seminara

[bioinformatika at matf.bg.ac.rs]

Poštovane koleginice i kolege,

naredni sastanak seminara Bioinformatika biće održan
u sredu, 7. 12. u 18:15 časova na Matematičkom fakultetu u sali 706.
Predavač je Dragana Dudić, master računarstva, iz Centra za
istraživanje podataka i bioinformatiku Poljoprivrednog fakulteta. Naslov
predavanja je “RNK sekvenciranje i transkriptom biljaka: specifičnosti,
alati i problemi”, a apstrakt možete pročitati u nastavku poruke.

Srdačan pozdrav, organizatori seminara
profesor dr Gordana Pavlović-Lažetić,
profesor dr Branko Dragović,
profesor dr Nenad Mitić, rukovodilac

------------------------------------------------------------

RNK sekvenciranje i transkriptom biljaka: specifičnosti, alati i problemi

RNK sekvenciranje (RNA-seq) je procedura sekvenciranja koja omogućava
analizu transkriptoma i ekspresije gena, a koja je omogućena pojavom
tehnika nove generacije sekvenciranja (NGS). RNA-seq se bitno razlikuje od
DNK sekvenciranja u nekoliko aspekata. Sam proces kreiranja sekvenci je
specifičan jer se, zbog nestabilnosti RNK molekula, reverzibilnom
transkripcijom generišu cDNK biblioteke koje se ubacuju u NGS
sekvencioner i sekvenciraju. Dalje, analiza podataka obuhvata, između
ostalog, i mapiranje na referentne sekvence. S obzirom da su, čak i za
najistraživanije organizme, transkriptomi i dalje nekompletni, ovo
mapiranje se u stvari vrši na genom. Zbog toga uobičajeni alati, poput
BLAST-a ili ClustalW, nisu pogodni za upotrebu, već se razvijaju novi 
koji uzimaju u obzir specifičnost RNK podataka. Dodatni problemi nastaju
u situacijama kada se analiziraju poliploidni ili visoko repetitivni
transkriptomi, kakvi su npr. transkriptomi biljaka. U okviru izlaganja
biće dat osvrt na ove teme i predstavljeni konkretni izazovi sa kojima su
se istraživači suočili na primeru transkriptoma kukuruza.


_______________________________________________
Bioinformatika mailing list
Bioinformatika at matf.bg.ac.rs
http://poincare.matf.bg.ac.rs/mailman/listinfo/bioinformatika