[institut] [Bioinformatika] Seminar Bioinformatika

[Jovana Kovacevic]

Poštovane koleginice i kolege,

Naredni sastanak seminara Bioinformatika biće održan sredu, 10. 04. u 18:15
časova na Matematičkom fakultetu u sali 718. Izlagaće dr Miljana Tanić,
naučni saradnik na Institutu za onkologiju i radiologiju. Naslov predavanja
je "Primena ciljanog bisulfitnog sekvenciranja u epigenetici kancera". U
nastavku poruke možete pronaći apstrakt predavanja.

Srdačan pozdrav,
rukovodioci Seminara
Gordana Pavlović-Lažetić
Nenad Mitić
Anđela Rodić

---------------------------------------------------------------------------------------------------


Uz par izuzetaka, svaka ćelija multicelularnih eukariota ima identičan
genom. Ono što determiniše ćelijski fenotip je kombinacija epigenetičkih
markera koje zajedno određuju gde, kada i koliko će se eksprimirati
informacija kodirana u genomu. DNK metilacija je jedan od najvažnijih
epigenetičkih mehanizama neophodan za ćelijsku diferencijaciju.  Izmenjen
profil DNK metilacije je rani događaj u evoluciji karcinoma, pri čemu
dolazi do lokalne hipermetilacije tumor supresora i globalne hipometlacije.

Metode sekvenciranja nove generacije (NGS) omogućile su proučavanje
epigenoma. Za analizu DNK metilacije zlatni standard je bisulfitno
sekveniranje (BS-seq), koje pored rezolucije na nivou jednog nukleotida
omogućava i faznu rekonstrukciju epialela na nivou jedne očitane sekvence
(sequencing read).  Analiza celog epigenoma je i dalje izuzetno skupa i
bioinformatički zahtevna metoda, te su razvijene metode za usmeravanje
sekvenciranja na ciljane regione širom genoma (CpG ostrva, regulatorne
sekvence, i druge).

Na  seminaru biće predstavljena uporedna analiza dostupnih metoda za
ciljano bisulfitno sekvenciranje, opisani tehnički izazovi i specifična
bioinformatička obrada ovih podataka. Takođe, biće prikazana  primena
metoda ciljanog BS-seq na primeru studije intra-tumorske heterogenosti i
evolucije nesitnoćelijskog karcinoma pluća (TRACERx studija).

-- 
This message has been scanned for viruses and
dangerous content by MailScanner, and is
believed to be clean.

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://mail.ipb.ac.rs/pipermail/institut/attachments/20190401/d43b73f7/attachment.html>
-------------- next part --------------
_______________________________________________
Bioinformatika mailing list
Bioinformatika at matf.bg.ac.rs
http://poincare.matf.bg.ac.rs/mailman/listinfo/bioinformatika